Trong thí nghiệm trên của T.H. Morgan, gen quy định màu mắt ruồi giấm định vị tại nhiễm sắc thể X, còn nhiễm sắc thể Y của loài này không có. Do đó, Morgan giả thuyết rằng: ở con cái (XX) phải có hai alen (++, hoặc +w, hoặc ww) thì màu mắt mới biểu hiện, còn con đực chỉ cần một alen thì màu mắt đã biểu hiện (vì Y không có alen tương ứng).

• Sơ đồ lai của thí nghiệm trên tóm tắt là:

P = ♀X+X+ (đỏ) × ♂XwY (trắng) → F1: ♀X+Xw (đỏ) × ♂X+Y (trắng) → F2 = ♀(1/2 X+ + 1/2Xw) × ♂(1/2X+ + 1/2Y) = 1/4♀X+X+ (cái, đỏ) + 1/4♀X+Xw (cái, đỏ) + 1/4♂X+Y (đực, đỏ) + 1/4♂XwY (đực, trắng).

Như vậy, F2 có tỉ lệ đực: cái vẫn là 1: 1, tỉ lệ trội: lặn vẫn là 3 đỏ: 1 trắng, nhưng các cá thể mắt trắng chỉ là con đực. Giải thích này phù hợp với kết quả thí nghiệm.

• Tuy nhiên, nếu tiến hành lai nghịch phép lai trên - theo truyền thống Menđen đã làm - nghĩa là "đổi chỗ" con cái và con đực ở P, thì Morgan đã thu được kết quả lại khác lai thuận: ở F2 xuất hiện tỉ lệ màu mắt là 1 đỏ: 1 trắng, đồng thời xuất hiện các con cái mắt trắng chiếm khoảng 25%. Sơ đồ tóm tắt thí nghiệm lai nghịch là:

P = ♀XwXw (trắng) × ♂X+Y (đỏ) → F1: ♀X+Xw (đỏ) × ♂XwY (trắng) → F2 = ♀(1/2 X+ + 1/2Xw) × ♂(1/2Xw + 1/2Y) = 1/4♀X+X+ (cái, đỏ) + 1/4♀XwXw (cái, trắng) + 1/4♂X+Y (đực, đỏ) + 1/4♂XwY (đực, trắng).

Sơ đồ chứng tỏ lai nghịch đã xuất hiện ruồi cái mắt trắng ở F2 và cách giải thích này của ông đã được chấp nhận cho đến tận ngày nay.